Dalam mendesain pengembangan keilmuan dan pendidikan di Pesma An Najah, dikembangkan dasar-dasar sebagai berikut:
1. Niat dan orientasinya untuk mendekatkan hubungan antara manusia dengan Allah dan
sesama makhluk. Pendekatan kepada Allah disertai dengan tauhid, tiada Tuhan kecuali Allah. Tauhid ini menjadi ruh bagi aktifitas makhluk
Muslim.
Penerapan metode apa pun diterima asal memperkuat keimanan dan pengabdian
kepada Allah. Keimanan dan ketakwaan
yang meningkat secara vertikal tersebut berkonsekwensi secara horizontal
sehingga peserta didik menjadi lebih harmonis dengan sesama manusia dan sesama
makhluk di dunia ini. Bermanfaat bagi yang lain.
2. Keterpaduan
(integrative,
tauhid). Ada kesatuan antara iman-ilmu-amal,
iman-islam-ihsan, dzikir-fikr (hati dan pikir), dhahir-batin
(jiwa-raga), dunia-akhirat, dulu-sekarang-akan datang. Integratif dan
interkoneksitas ini merupakan artikulasi dari ketauhidan tersebut.
3. Bertumpu
pada kebenaran. Materi yang disampaikan itu benar, disampaikan dengan cara yang
benar, dan dengan dasar niat yang benar. Mencari kebenaran dan jalan lurus (ihdina as shirath al-mustaqim),
harus terus dilakukan selama manusia masih menghembuskan nafas.
4. Kejujuran
(sidq dan amanah).
Berbagai metode yang dipakai harus memegang teguh kejujuran (akademik).
Kebohongan dan dusta (kidzb) dalam bentuk apapun dilarang. Jika realitas
(politik) bertentangan dengan hasil penemuan ilmu pengetahuan dan teknologi
maka pendidik (peneliti) tetap harus menyampaikan kebenaran tersebut meskipun
terasa pahit (qul
al-haqqa walau kana murran),
katakan kebenaran meski terasa pahit.
5. Keteladanan
pendidik atau kyai. Ada kesatuan antara ilmu dan amal. Kyai atau Pendidik yang mengajar dituntut
menjadi contoh tauladan bagi peserta didik atau santrinya. Tidak diperkenankan ada pernyataan
“saya hanya mengajar”. Pengajar shalat, ia harus juga melaksanakan shalat. Ada
dispensasi (rukhshah) jika pendidik berhalangan secara syar’i semisal ia
mengajar tentang haji sementara ia belum memiliki biaya untuk naik haji
sehingga belum mampu haji.
6. Berdasar
pada nilai. Metode pendidikan pesma berdasarkan pada al-akhlaq al-karimah,
budi utama. Semisal, pendidik atau ustadz mengajar praktikum kimia, biologi, fulkanologi, dll harus menjaga
hubungan antara laki-laki dan perempuan, tidak berkhulwat atau
berdua-duaan (di ruang tertutup atau di hutan belantara) yang mengakibatkan
fitnah. Metode pendidikan pesma sarat nilai, tidak bebas nilai semisal proses
pembelajaran harus memperhatikan waktu shalat (wajib).
7. Sesuai
dengan usia dan kemampuan akal santri (biqadri uqulihim). Memberikan pelajaran
terhadap peserta didik atau santri yang mampu merangsang pemikiran mereka serta memperteguh keimanan dan daya
kreatif-terampilnya.
8. Sesuai
dengan kebutuhan peserta didik (student center), bukan untuk memenuhi
keinginan pendidik apalagi untuk proyek semata.
9. Mengambil
pelajaran pada setiap kasus atau kejadian (ibrah) yang menyenangkan
ataupun yang menyedihkan. Mengambil
pelajaran ini dimulai dengan berfikir positif dan menerima perjalan hidup
dengan sedang tidak berlebihan dalam mensikapinya.
10. Proporsional
dalam memberikan janji (reward, wa’d, targhib) yang menggembirakan
dan ancaman (punishmant, wa’id,
tarhib) untuk mendidik kedisiplinan.
Proporsional karena harus disesuaikan dengan situasi dan kondisi peserta didik atau santri.
Pembiasaan terhadap hal-hal yang terpuji membutuhkan kedisiplinan dan
kedisiplinan akan berjalan jika ada hukuman (punishment), sedang yang
berprestasi diberikan hadiah (reward) agar selalu mengulang kebaikan dan
prestasi itu sekaligus menjadi tradisi dalam hidupnya.
Penciptaan tradisi posistif juga bisa dikembangkan dengan permainan yang
menggembirakan, menyenangkan, dan jauh dari kekerasan.